氨基酸定制(Trimer、IUBcode、NNK) 文庫構(gòu)建

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通用生物可提供氨基酸定制 (Trimer、IUBcode、NNK)文庫構(gòu)建，交付線性DNA文庫或質(zhì)粒DNA文庫。文庫具有庫容量大、均一性好、精準(zhǔn)經(jīng)濟(jì)的優(yōu)勢，便于后續(xù)蛋白定向進(jìn)化、抗體篩選、藥物靶點(diǎn)篩選、酶的優(yōu)化等方面的研究。

氨基酸定制(Trimer、IUBcode、NNK)引物

1.Trimer引物——可滿足對蛋白、抗體文庫中特定位點(diǎn)氨基酸的多樣性和偏好性需求
- 可在突變位點(diǎn)處避免產(chǎn)生冗余突變和終止密碼子
- 根據(jù)氨基酸堿基密碼進(jìn)行設(shè)計(jì)，密碼子與氨基酸一一對應(yīng)
- Trimer混合元件單元設(shè)計(jì)引物，可精準(zhǔn)控制突變位點(diǎn)氨基酸比例
示例1
5^'GCAACTTATTACTGTCAGCAA(X)5-8CYGWTCACGTTCGGACAGGG3^'
X Trimers=Y(50%)/S (10%)/G(10%)/A(5%)/F(5%)/W(5%)/H(5%)/P(5%)/V(5%)
示例2
5^'YCAVCTTATTACTATCAGCAA(X)3-6CYGWTCACGTVSGGACAAAG3^'
X Trimers=A(30%)/S (20%)/W(15%)/Y(10%)/F(5%)/G(5%)/H(5%)/V(5%)/P(5%)

表1. Trimer與氨基酸對照表

2.IUBcode簡并引物
通過混合2-4種堿基，核苷代碼由單一的A、T、C、G拓展到R、Y、......N等11種混合核苷代碼（IUB code，見表2）。使用IUB code構(gòu)建不同的密碼子組合，可以在突變位點(diǎn)形成固定氨基酸的組合。

表2. UBcode密碼對照表

3.NNK簡并引物
NNK簡并密碼子包含了32種密碼子組合，覆蓋了所有20種氨酸殘基，是構(gòu)建文庫常用的簡并密碼子。
示例
5^'GGCCCTAACGGATAACCG(NNK)6GCCAATTCATGCACCTTACG3^'
N=A/C/G/T， K =G/T

服務(wù)優(yōu)勢

- 無需DNA模板，只需提供序列信息
- 超高的突變精確性、更豐富的文庫多樣性
- 更大的文庫容量，更高的篩選成功率
- 獲得利用傳統(tǒng)突變方法無法獲得的基因變異體

質(zhì)量控制

- 線性DNA文庫：PCR產(chǎn)物文庫，將該文庫連接至特異性載體上，隨機(jī)挑取10-40個(gè)克隆測序，從而確定該文庫的多樣性和準(zhǔn)確率；
- 質(zhì)粒DNA文庫：將線性DNA文庫裝至客戶指定載體上所得到的克隆文庫，隨機(jī)挑取12-96個(gè)克隆進(jìn)行測序，從而確定該文庫的多樣性和準(zhǔn)確率。

服務(wù)流程