科研服務(wù)

      微生物多樣性測序是對環(huán)境樣品中細菌（16S rDNA）、真菌（18S/ITS）、功能基因等基因的DNA進行特定長度的PCR擴增， 并對擴增產(chǎn)物進行測序的分析，可實現(xiàn)對環(huán)境樣品中的優(yōu)勢物種、稀有物種和一些未知物種進行檢測，精準解析微生物在種屬水平上的組成和豐度情況，是當前研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異的重要技術(shù)手段。



技術(shù)路線



送樣要求

DNA樣品 濃度及總量
illumina 濃度≥1ng/μL，總量≥30ng
ONT/BGI 濃度≥20ng/μL，,總量≥1μg

環(huán)境樣品 送樣要求 保存及運輸
普通土壤 除去土壤表層未分解的凋落物層、動植物殘體、石礫等雜質(zhì),將大塊的樣品搗碎,過2mm篩 后,分裝至2mL或更大體積的EP管或凍存管中;每管土壤含量大概0.25~0.5g,需保證送樣量在1~2g。 樣本-80°C或液氮中長期保存，干冰運輸
根際土壤 收集植物植株,去除根部大塊土壤;搖動植株去除附著不緊密的土壤,使用無菌刷子收集根部附著緊密的土壤;隨機多點取樣5-10g,過2mm篩后,分裝至2mL或更大體積的EP管或凍存管中;每管土壤含量大概0.25~0.5g,需保證送樣量在1~2g。
糞便 無菌牙簽或糞便取樣器截取樣品中段內(nèi)部(避免表層中的腸道膜脫落細胞),外部容易污染目細菌DNA由于接觸空氣可能有降解。將已取的糞便樣品分裝至2mL EP管(無菌)或凍存管(無菌)中,每管糞便量為0.5~2g,每個樣品分裝2~3管備份。
腸道內(nèi)容物 在實驗對象死亡后,無菌條件下,取出整個腸道,用無菌解剖刀切取所需腸段的,用無菌手術(shù)刀挖取內(nèi)容物分裝至2mL EP管(無菌)或凍存管 (無菌)中,每管組織量為0.5~2g,每個樣品分裝2~3管備份。
水體 過濾大量低微生物含量的清亮水樣用0.22um 的聚苯醚砜濾膜,每個樣本至少1L水樣。渾濁水樣使用0.22um濾膜過濾緩慢容易堵塞時,建議使用0.45um的混合纖維素酯濾膜,每個樣本0.5L-1L水樣;如果水樣中不可溶解的顆粒較多,需要使用2-5um孔徑的濾膜將不可溶解的顆 粒雜質(zhì)濾去,再使用0.22um或0.45um的濾膜富集菌體,每個樣本0.5L-1L水樣。
空氣 開動采樣儀(浮游細菌采集器),使被測空氣濾過凝膠膜 (滅菌),空氣中的浮游菌被截留在凝膠膜上(過濾時間越長,收集的空氣中的灰塵越多,菌數(shù)量越多),收集完成后取下濾膜。


分析內(nèi)容展示


案例分析

研究背景

全球土壤系統(tǒng)中的塑料污染正成為一個嚴重的全球性問題，對陸地生態(tài)系統(tǒng)服務(wù)和人類健康構(gòu)成潛在威脅。為了確定聚乙烯薄膜的降解性和生態(tài)效應(yīng)，本研究以小麥為試材，通過盆栽試驗，研究塑料降解與土壤微生物群落組成之間的互相作用。


研究結(jié)論

不同條件下的PE膜具有獨特的降解性能，改變了土壤微生物群落組成。此外，在塑料薄膜上形成了一個巨大的獨特微生物群，這可能會改變土壤的基本性質(zhì)。PE膜可能是一種獨特的微生物定殖基質(zhì)，可能促進其自身降解，改變生物地球化學(xué)過程和土壤生態(tài)功能。


 mRNAmRNA純度檢測


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