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      長鏈非編碼RNA（long non-coding RNAs，lncRNA）是一類長度大于200nt，位于細胞核或胞漿中，表達量和保守性略低于mRNA且具有細胞或組織類型特異性的低編碼功能性RNA分子。 近年來，隨著測序以及其他分析技術的發(fā)展，大量lncRNA已經(jīng)被鑒定，并且越來越多的證據(jù)表明lncRNA在轉(zhuǎn)錄調(diào)控、轉(zhuǎn)錄后調(diào)控及表觀調(diào)控等多個層面調(diào)控基因表達，在生物體生命活動中有重要作用。

      lncRNA測序采用去核糖體的鏈特異性建庫方式進行建庫，并使用二代illumina測序平臺進行測序，lncRNA建庫屬于mRNA+lncRNA， 只需要一次建庫，就能同時獲得mRNA的數(shù)據(jù)以及l(fā)ncRNA的數(shù)據(jù)，lncRNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄組或小RNA測序可全面解析物種個體發(fā)育、環(huán)境適應、免疫互作及表型變異機制。


作用機制

  • LncRNA通過參與調(diào)控蛋白質(zhì)碼基因，影響細胞內(nèi)信號轉(zhuǎn)導途徑以及發(fā)育過程中的基因調(diào)控機制。
  • 動植物受到病原物侵染過程中l(wèi)ncRNA表達會發(fā)生變化，具體表現(xiàn)為長鏈非編碼RNA在序列和空間結(jié)構上的異常、表達水平的異常、與結(jié)合蛋白相互作用的異常等。
  • 植物中很多功能的調(diào)控都離不開lncRNA參與，例如響應外部環(huán)境（溫度、鹽堿等）脅迫，lncRNA表達量變化調(diào)控轉(zhuǎn)錄本表達發(fā)生變化。
  • 可以與其他組學進行多組學聯(lián)合分析，包括lncRNA+mRNA、lncRNA+miRNA、lncRNA+甲基化等。


技術路線



分析內(nèi)容展示


案例解讀

研究背景

在植物中，大量的lncRNA被鑒定，并證實在基因沉默、生殖發(fā)育、開花時間調(diào)節(jié)、脅迫反應等重要發(fā)育途徑中發(fā)揮重要作用。水稻種子是水稻重要的生殖器官，直接決定產(chǎn)量和品質(zhì)，然而lncRNAs在水稻種子發(fā)育中的作用尚不清楚。


研究結(jié)論

差異lncRNA的靶基因GO富集分析顯示，主要在細胞成分、分子功能和生物過程進行富集。主要涉及細胞過程、代謝過程、催化活性、細胞器和細胞組分，這些結(jié)果表面， 這些差異表達的lncRNA可能通過影響各種途徑參與種子發(fā)育。這些結(jié)果擴展了水稻中l(wèi)ncRNAd 數(shù)據(jù)集，增強了我們對lncRNA在水稻種子發(fā)育中的生物學功能的理解。


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