科研服務(wù)

通用生物可提供氨基酸定制 (Trimer、IUBcode、NNK)文庫(kù)構(gòu)建，交付線性DNA文庫(kù)或質(zhì)粒DNA文庫(kù)。文庫(kù)具有庫(kù)容量大、均一性好、精準(zhǔn)經(jīng)濟(jì)的優(yōu)勢(shì)，便于后續(xù)蛋白定向進(jìn)化、抗體篩選、藥物靶點(diǎn)篩選、酶的優(yōu)化等方面的研究。

氨基酸定制(Trimer、IUBcode、NNK)引物

  • 1.Trimer引物——可滿足對(duì)蛋白、抗體文庫(kù)中特定位點(diǎn)氨基酸的多樣性和偏好性需求
    • 可在突變位點(diǎn)處避免產(chǎn)生冗余突變和終止密碼子
    • 根據(jù)氨基酸堿基密碼進(jìn)行設(shè)計(jì)，密碼子與氨基酸一一對(duì)應(yīng)
    • Trimer混合元件單元設(shè)計(jì)引物，可精準(zhǔn)控制突變位點(diǎn)氨基酸比例
  • 示例1
  • 5'GCAACTTATTACTGTCAGCAA(X)5-8CYGWTCACGTTCGGACAGGG3'
  • X Trimers=Y(50%)/S (10%)/G(10%)/A(5%)/F(5%)/W(5%)/H(5%)/P(5%)/V(5%)
  • 示例2
  • 5'YCAVCTTATTACTATCAGCAA(X)3-6CYGWTCACGTVSGGACAAAG3'
  • X Trimers=A(30%)/S (20%)/W(15%)/Y(10%)/F(5%)/G(5%)/H(5%)/V(5%)/P(5%)

表1. Trimer與氨基酸對(duì)照表

  • 2.IUBcode簡(jiǎn)并引物
  • 通過(guò)混合2-4種堿基，核苷代碼由單一的A、T、C、G拓展到R、Y、......N等11種混合核苷代碼（IUB code，見(jiàn)表2）。使用IUB code構(gòu)建不同的密碼子組合，可以在突變位點(diǎn)形成固定氨基酸的組合。

表2. UBcode密碼對(duì)照表

  • 3.NNK簡(jiǎn)并引物
  • NNK簡(jiǎn)并密碼子包含了32種密碼子組合，覆蓋了所有20種氨酸殘基，是構(gòu)建文庫(kù)常用的簡(jiǎn)并密碼子。
  • 示例
  • 5'GGCCCTAACGGATAACCG(NNK)6GCCAATTCATGCACCTTACG3'
  • N=A/C/G/T， K =G/T

服務(wù)優(yōu)勢(shì)

    • 無(wú)需DNA模板，只需提供序列信息
    • 超高的突變精確性、更豐富的文庫(kù)多樣性
    • 更大的文庫(kù)容量，更高的篩選成功率
    • 獲得利用傳統(tǒng)突變方法無(wú)法獲得的基因變異體

質(zhì)量控制

    • 線性DNA文庫(kù)：PCR產(chǎn)物文庫(kù)，將該文庫(kù)連接至特異性載體上，隨機(jī)挑取10-40個(gè)克隆測(cè)序，從而確定該文庫(kù)的多樣性和準(zhǔn)確率；
    • 質(zhì)粒DNA文庫(kù)：將線性DNA文庫(kù)裝至客戶指定載體上所得到的克隆文庫(kù)，隨機(jī)挑取12-96個(gè)克隆進(jìn)行測(cè)序，從而確定該文庫(kù)的多樣性和準(zhǔn)確率。

服務(wù)流程

文庫(kù)設(shè)計(jì)

1

突變引物庫(kù)合成

2

質(zhì)粒（或線性）DNA文庫(kù)構(gòu)建

3

質(zhì)量控制

4

交付質(zhì)粒（或線性）DNA文庫(kù)

5

交付標(biāo)準(zhǔn)

  • 1-5μg線性DNA文庫(kù)或5-10μg質(zhì)粒DNA文庫(kù)的凍干樣品
  • 1支含有混合文庫(kù)的穿刺菌/甘油菌
  • 測(cè)序峰圖（abi文件電子版）
  • COA文件（電子版）
  • 基因序列比對(duì)文件（電子版）

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