科研服務(wù)

      微生物多樣性測(cè)序是對(duì)環(huán)境樣品中細(xì)菌（16S rDNA）、真菌（18S/ITS）、功能基因等基因的DNA進(jìn)行特定長(zhǎng)度的PCR擴(kuò)增， 并對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序的分析，可實(shí)現(xiàn)對(duì)環(huán)境樣品中的優(yōu)勢(shì)物種、稀有物種和一些未知物種進(jìn)行檢測(cè)，精準(zhǔn)解析微生物在種屬水平上的組成和豐度情況，是當(dāng)前研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異的重要技術(shù)手段。



技術(shù)路線



送樣要求

DNA樣品 濃度及總量
illumina 濃度≥1ng/μL，總量≥30ng
ONT/BGI 濃度≥20ng/μL，,總量≥1μg

環(huán)境樣品 送樣要求 保存及運(yùn)輸
普通土壤 除去土壤表層未分解的凋落物層、動(dòng)植物殘?bào)w、石礫等雜質(zhì),將大塊的樣品搗碎,過(guò)2mm篩 后,分裝至2mL或更大體積的EP管或凍存管中;每管土壤含量大概0.25~0.5g,需保證送樣量在1~2g。 樣本-80°C或液氮中長(zhǎng)期保存，干冰運(yùn)輸
根際土壤 收集植物植株,去除根部大塊土壤;搖動(dòng)植株去除附著不緊密的土壤,使用無(wú)菌刷子收集根部附著緊密的土壤;隨機(jī)多點(diǎn)取樣5-10g,過(guò)2mm篩后,分裝至2mL或更大體積的EP管或凍存管中;每管土壤含量大概0.25~0.5g,需保證送樣量在1~2g。
糞便 無(wú)菌牙簽或糞便取樣器截取樣品中段內(nèi)部(避免表層中的腸道膜脫落細(xì)胞),外部容易污染目細(xì)菌DNA由于接觸空氣可能有降解。將已取的糞便樣品分裝至2mL EP管(無(wú)菌)或凍存管(無(wú)菌)中,每管糞便量為0.5~2g,每個(gè)樣品分裝2~3管備份。
腸道內(nèi)容物 在實(shí)驗(yàn)對(duì)象死亡后,無(wú)菌條件下,取出整個(gè)腸道,用無(wú)菌解剖刀切取所需腸段的,用無(wú)菌手術(shù)刀挖取內(nèi)容物分裝至2mL EP管(無(wú)菌)或凍存管 (無(wú)菌)中,每管組織量為0.5~2g,每個(gè)樣品分裝2~3管備份。
水體 過(guò)濾大量低微生物含量的清亮水樣用0.22um 的聚苯醚砜濾膜,每個(gè)樣本至少1L水樣。渾濁水樣使用0.22um濾膜過(guò)濾緩慢容易堵塞時(shí),建議使用0.45um的混合纖維素酯濾膜,每個(gè)樣本0.5L-1L水樣;如果水樣中不可溶解的顆粒較多,需要使用2-5um孔徑的濾膜將不可溶解的顆 粒雜質(zhì)濾去,再使用0.22um或0.45um的濾膜富集菌體,每個(gè)樣本0.5L-1L水樣。
空氣 開(kāi)動(dòng)采樣儀(浮游細(xì)菌采集器),使被測(cè)空氣濾過(guò)凝膠膜 (滅菌),空氣中的浮游菌被截留在凝膠膜上(過(guò)濾時(shí)間越長(zhǎng),收集的空氣中的灰塵越多,菌數(shù)量越多),收集完成后取下濾膜。


分析內(nèi)容展示


案例分析

研究背景

全球土壤系統(tǒng)中的塑料污染正成為一個(gè)嚴(yán)重的全球性問(wèn)題，對(duì)陸地生態(tài)系統(tǒng)服務(wù)和人類健康構(gòu)成潛在威脅。為了確定聚乙烯薄膜的降解性和生態(tài)效應(yīng)，本研究以小麥為試材，通過(guò)盆栽試驗(yàn)，研究塑料降解與土壤微生物群落組成之間的互相作用。


研究結(jié)論

不同條件下的PE膜具有獨(dú)特的降解性能，改變了土壤微生物群落組成。此外，在塑料薄膜上形成了一個(gè)巨大的獨(dú)特微生物群，這可能會(huì)改變土壤的基本性質(zhì)。PE膜可能是一種獨(dú)特的微生物定殖基質(zhì)，可能促進(jìn)其自身降解，改變生物地球化學(xué)過(guò)程和土壤生態(tài)功能。


 mRNAmRNA純度檢測(cè)


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