科研服務(wù)

16S/18S/ITS等擴(kuò)增子測序（三代）

      全長擴(kuò)增子（16S/18S/ITS）測序基于Pacbio長讀長測序平臺，以16S為例，可以一次性獲得9個(gè)高變區(qū)序列信息，獲得注釋到“種”的分類鑒定！不僅可以提高物種鑒定分辨率，還可以通過全長序列進(jìn)行準(zhǔn)確的物種注釋，從而更加真實(shí)地還原樣本中微生物的群落結(jié)構(gòu)。


產(chǎn)品特點(diǎn)

  • PacBio全長多樣性測序基于HiFi模式對單一片段進(jìn)行多輪測序的方式來提升準(zhǔn)確性。 由于PacBio的原始錯(cuò)誤為隨機(jī)錯(cuò)誤，可通過獲取CCS進(jìn)行自身糾正來提升數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性。同一片段測序 5 次后，單一 Read的準(zhǔn)確性至少達(dá)到Q20 （99%）。
  • 全長序列中攜帶的特征信息更多，可以支持“種”水平的分辨率。
  • 群落結(jié)構(gòu)更準(zhǔn)確，避免了短讀長擴(kuò)增子的PCR引物選擇會影響推斷的群落準(zhǔn)確性和某些細(xì)菌類群的敏感性；
  • CCS擴(kuò)增子測序模式結(jié)合DADA2軟件算法，可獲得單堿基/近零錯(cuò)誤率的全長rRNA基因序列。


項(xiàng)目流程圖



分析內(nèi)容展示


案例解析

研究背景

砷是一種重要的有害金屬，普遍存在于受污染的土壤、河流和地下水中。然而，關(guān)于三氧化二砷(ATO，砒霜) 對水禽腸-肝軸的影響及其肝毒性的研究還很少。本研究探討了腸-肝軸在三氧化二砷誘導(dǎo)的肝毒性和腸道毒性中的作用。


研究結(jié)論

ATO暴露引起鴨腸菌群α-多樣性顯著降低，對照組中凸腹真桿菌、產(chǎn)硫球鏈菌、類腸膜魏斯氏菌和厭氧消化鏈球菌等更豐富。 ATO暴露顯著降低腸道屏障相關(guān)蛋白的表達(dá)，導(dǎo)致腸道通透性增加和脂多糖水平升高；上調(diào)了肝臟和空腸的焦亡相關(guān)指數(shù)， 并增加了促炎細(xì)胞因子的產(chǎn)生。進(jìn)一步的機(jī)制研究表明， ATO誘導(dǎo)的肝臟和空&腸炎癥是由LPS/TLR4/NF-κB信號通路和NLRP3炎癥小體的激活引起的。這些結(jié)果表明，ATO 暴露可導(dǎo)致肝臟和空腸炎癥和焦亡，而間接的腸-肝軸通路可能在ATO誘導(dǎo)肝毒性的潛在機(jī)制中發(fā)揮重要作用。


订购信息

下载产品订购表或产品订购合同并按要求填写后发送至 ngs-service@generalbiol.com ，公司收到订单或产品订购合同会及时与您回复及确认，并安排相关人员生产发货。

  • 订单或合同下载 为保证您的订单或订购合同顺利上传，请您下载最新订单或订购合同。
  • 邮箱： ngs-service@generalbiol.com
  • 电话： 0550-3121666轉(zhuǎn)8866