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產(chǎn)品內(nèi)容

分型技術(shù)

測序法

在所有SNP檢測方法中，對待檢測片段進行直接擴增、測序是最為準確的方法，也是SNP分析的金標準。純合型SNP位點的測序峰為單一峰型，而雜合型SNP位點的測序峰為套峰，因而很容易將其區(qū)分開來。通過直接測序方法進行SNP檢測的檢出率接近100%。 通過直接測序來確定位點的基因型的分型方法準確性最高，但費用大。如果需要檢測的幾個SNP位點正好位于一個測序單元內(nèi)（長度小于700bp），則單個位點的分型費用可顯著降低，這種測序分型技術(shù)不失為一種良好選擇。對于準確性要求特別高或樣本量特別?。◣讉€或幾十個）的項目，這種分型技術(shù)很適合。

PCR-RFLP法

PCR-RFLP是SNP分型最經(jīng)典的研究方法，其最大優(yōu)勢在于，不需要有特殊的儀器，檢測操作簡單，費用低廉，也適合中量樣本的檢測；缺點是需要大量人力，耗時相對較長，不適合高通量大樣本檢測。 %。 通過直接測序來確定位點的基因型的分型方法準確性最高，但費用大。如果需要檢測的幾個SNP位點正好位于一個測序單元內(nèi)（長度小于700bp），則單個位點的分型費用可顯著降低，這種測序分型技術(shù)不失為一種良好選擇。對于準確性要求特別高或樣本量特別小（幾個或幾十個）的項目，這種分型技術(shù)很適合。

不僅能夠?qū)τ忻盖形稽c的SNP進行分型，對于不存在合適酶切位點的SNP位點，可通過在PCR引物3’端改變個別堿基引入限制性內(nèi)切酶酶切位點，使該位點變成常見酶切位點，能對所有SNP位點用RFLP來分析。

Taqman探針法

該技術(shù)是由ABI研發(fā)的SNP分型技術(shù)，其技術(shù)原理如下：PCR反應(yīng)時，加入一對兩端有不同熒光標記的MGB特異探針來識別不同等位基因（allele1和allele2），5’端為報告熒光基團（reporter），3’端為淬滅熒光基團(quencher)。PCR過程中，兩個探針能與正向引物和反向引物之間的互補序列特異退火結(jié)合。當探針以完整形式存在時，由于能量共振轉(zhuǎn)移，熒光基團只發(fā)出微弱熒光。特異的探針與相應(yīng)的等位基因結(jié)合后，DNA聚合酶發(fā)揮5’到3’外切酶活性，把報告熒光基團切割下來，脫離3’端淬滅熒光基團的淬滅作用（quench），從而發(fā)出熒光。兩個探針的5’端標有不同的熒光（FAM或VIC），3’端標有MGB淬滅基團結(jié)合體。根據(jù)檢測到的不同熒光，可以判斷相應(yīng)樣本的SNP等位基因型。

Taqman分型每個位點需要2條探針，MGB探針特征如下：

由于MGB探針價格較高，因此Taqman探針法通常用于少量SNP位點大量樣本的分析。

SNaPshot

該技術(shù)由美國應(yīng)用生物公司（ABI）開發(fā)，是基于熒光標記單堿基延伸原理的分型技術(shù)，也稱小測序，主要針對中等通量的SNP分型項目。在一個含有測序酶、四種熒光標記ddNTP、緊臨多態(tài)位點5’端的不同長度延伸引物和PCR產(chǎn)物模板的反應(yīng)體系中，引物延伸一個堿基即終止，經(jīng)ABI測序儀檢測后，根據(jù)峰的移動位置確定該延伸產(chǎn)物對應(yīng)的SNP位點，根據(jù)峰的顏色可得知摻入的堿基種類，從而確定該樣本的基因型。對于PCR產(chǎn)物模板可通過多重PCR反應(yīng)體系來獲得。 %。 通過直接測序來確定位點的基因型的分型方法準確性最高，但費用大。如果需要檢測的幾個SNP位點正好位于一個測序單元內(nèi)（長度小于700bp），則單個位點的分型費用可顯著降低，這種測序分型技術(shù)不失為一種良好選擇。對于準確性要求特別高或樣本量特別?。◣讉€或幾十個）的項目，這種分型技術(shù)很適合。

SNaPshot特點如下：

連接酶檢測反應(yīng) (Ligase Detection Reaction，LDR)

LDR是利用高溫連接酶實現(xiàn)對基因多態(tài)性位點的識別。高溫連接酶一旦檢測到DNA與互補的兩條寡聚核苷酸接頭對應(yīng)處存在著基因點突變類型的堿基錯配，則連接反應(yīng)就不能進行。

右邊的探針與模板有一個堿基不配對，所以連接反應(yīng)不能進行，沒有連接產(chǎn)物；左邊的探針與模板DNA完全互補，故進行連接反應(yīng)。通過溫控循環(huán)該特異性連接反應(yīng)可反復(fù)進行，達到線性擴增的效果。

飛行質(zhì)譜法

基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜（Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry，MALDI-TOF MS）技術(shù)是Sequenom公司推出的世界上領(lǐng)先的基因分析工具，分型原理是：先通過PCR擴增目標序列，然后加入SNP序列特異延伸引物，在SNP位點上延伸1個堿基。將制備的樣品分析物與芯片基質(zhì)共結(jié)晶，將該晶體放入質(zhì)譜儀的真空管, 而后用瞬時納秒（10-9s）強激光激發(fā)，基質(zhì)分子吸收輻射能量，導(dǎo)致能量蓄積并迅速產(chǎn)熱，使基質(zhì)晶體升華，核酸分子就會解吸附并轉(zhuǎn)變?yōu)閬喎€(wěn)態(tài)離子，產(chǎn)生的離子多為單電荷離子，這些單電荷離子在加速電場中獲得相同的動能，進而在一非電場漂移區(qū)內(nèi)按照其質(zhì)荷比率的不同得以分離，在真空小管中飛行到達檢測器。MALDI產(chǎn)生的離子常用飛行時間（Time-of-Flight，TOF）檢測器來檢測，離子質(zhì)量越小，就越快到達。利用質(zhì)譜分析對質(zhì)量的靈敏度特別高的特點，很容易將僅含有一個不同堿基的兩段基因序列區(qū)別開，推導(dǎo)出SNP分型?；贛assARRAY平臺的iPLEX GOLD技術(shù)可以設(shè)計最高達40重的PCR反應(yīng)和基因型檢測，實驗設(shè)計靈活，分型結(jié)果準確性高。根據(jù)應(yīng)用需要，對數(shù)十到數(shù)百個SNP位點進行數(shù)百至數(shù)千份樣本檢測時，MassARRAY具有最佳的性價比，特別適合于對全基因組研究發(fā)現(xiàn)的結(jié)果進行驗證，或者是有限數(shù)量的研究位點已經(jīng)確定的情況。

飛行質(zhì)譜法

基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜（Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry，MALDI-TOF MS）技術(shù)是Sequenom公司推出的世界上領(lǐng)先的基因分析工具，分型原理是：先通過PCR擴增目標序列，然后加入SNP序列特異延伸引物，在SNP位點上延伸1個堿基。將制備的樣品分析物與芯片基質(zhì)共結(jié)晶，將該晶體放入質(zhì)譜儀的真空管, 而后用瞬時納秒（10-9s）強激光激發(fā)，基質(zhì)分子吸收輻射能量，導(dǎo)致能量蓄積并迅速產(chǎn)熱，使基質(zhì)晶體升華，核酸分子就會解吸附并轉(zhuǎn)變?yōu)閬喎€(wěn)態(tài)離子，產(chǎn)生的離子多為單電荷離子，這些單電荷離子在加速電場中獲得相同的動能，進而在一非電場漂移區(qū)內(nèi)按照其質(zhì)荷比率的不同得以分離，在真空小管中飛行到達檢測器。MALDI產(chǎn)生的離子常用飛行時間（Time-of-Flight，TOF）檢測器來檢測，離子質(zhì)量越小，就越快到達。利用質(zhì)譜分析對質(zhì)量的靈敏度特別高的特點，很容易將僅含有一個不同堿基的兩段基因序列區(qū)別開，推導(dǎo)出SNP分型?；贛assARRAY平臺的iPLEX GOLD技術(shù)可以設(shè)計最高達40重的PCR反應(yīng)和基因型檢測，實驗設(shè)計靈活，分型結(jié)果準確性高。根據(jù)應(yīng)用需要，對數(shù)十到數(shù)百個SNP位點進行數(shù)百至數(shù)千份樣本檢測時，MassARRAY具有最佳的性價比，特別適合于對全基因組研究發(fā)現(xiàn)的結(jié)果進行驗證，或者是有限數(shù)量的研究位點已經(jīng)確定的情況。

SNP分型服務(wù)送樣要求

SNP分型結(jié)果